Die Geschichte der Villa Schöningen beginnt im Jahr 1843: Für den Hofmarschall des Prinzen Carl von Preußen (1801–1883), Kurd Wolfgang von Schöning (1789–1859), entwirft der Potsdamer Architekt Ludwig Persius (1803–1845) ein Haus im italienischen Villenstil, dass in Sichtachsen zu den Schlössern Glienicke und Babelsberg direkt an der Glienicker Brücke gebaut wird. Das Gebäude wird in Auftrag gegeben von König Friedrich Wilhelm IV. Die neue Villa soll ein passendes Gegenüber zum Schloss Glienicke sein und eine einfache Schiffbauerwerkstatt, die 17 Jahre zuvor an dieser Stelle errichtet wurde, ersetzen. Nach dem Tod von Kurd Wolfgang von Schöning im Jahr 1859 verkaufen seine Kinder die Villa an Prinz Carl von Preußen, der die Villa wenig später weiter veräußert.

1871 kauft Moritz Jacoby die Villa Schöningen und vererbt sie an seine Tochter Anna (1854–1925). Ihr Mann ist Hermann Wallich, ein Bankier und einer der ersten Direktoren der Deutschen Bank. Die in Berlin wohnende Familie Wallich nutzt die Villa vor allem als Sommerresidenz.

Um 1920 wird das Gebäude modernisiert und es zieht der erste Sohn von Anna und Hermann, Paul Wallich (1882–1938), in die Villa ein. Aufgrund seines jüdischen Glaubens nimmt die Bedrohung durch den Nationalsozialismus zu, aus der er sich im Jahr 1938 in den Freitod flüchtet. Seine Frau und seine Kinder emigrieren in die USA und kehren während der Zeit des Dritten Reichs nicht mehr nach Deutschland zurück.

Gegen Ende des Zweiten Weltkriegs wird die Villa Schöningen von der Roten Armee beschlagnahmt und für kurze Zeit als Lazarett für verwundete russische Soldaten genutzt.

Dem russischen Militär folgt 1950 der Freie Deutsche Gewerkschaftsbund, der Büroräume und eine Kinderbetreuung in dem Gebäude einrichtet. Daraus entwickelt sich 1952 die Umnutzung der Villa Schöningen in ein Kinderwochenheim.

Mit dem Bau der Berliner Mauer 1961 liegt die Villa Schöningen im Grenzgebiet der DDR. Direkt vor der Tür der Villa Schöningen verläuft die innerdeutsche Grenze und die Villa befindet sich inmitten des so genannten „Todesstreifens“, dem Grenzgebiet, das mit Sperranlagen und Schießbefehl bewacht wird und den Grenzübergang von Potsdam nach Berlin-Wannsee verhindert. Die Villa Schöningen ist das einzige Kinderwochenheim in der DDR, das sich in solch einem Gebiet befindet. So wie viele andere leerstehende private Immobilien wird auch die Villa Schöningen 1983 dem Volkseigentum der DDR überführt.

Mit der Wiedervereinigung im November 1989 wird die Berliner Mauer vor der Tür der Villa abgetragen und das Grenzgebiet aufgelöst. Es gelingt der Familie Wallich mit einem Restitutionsantrag die Villa Schöningen am 20. November 1992 zurückzuerhalten. Im selben Jahr zieht der letzte Bewohnende aus der Villa Schöningen aus.

Die Villa Schöningen bleibt bis 1993 ein Kinderwochenheim. 1995 wird die Villa Schöningen von Familie Wallich an einen privaten Käufer veräußert. Das Haus verwahrlost zunehmend und es gibt Pläne, es abzureißen, um auf dem Grundstück neue Stadtvillen zu errichten. Nach Scheitern des Vorhabens wird die Villa Schöningen schließlich 2007 verkauft, anschließend denkmalgerecht saniert und 2009 als Ausstellungshaus eröffnet.

Seit 2007 ist die Villa Schöningen als Baudenkmal in die Denkmalschutzliste des Landes Brandenburg aufgenommen und darüber hinaus UNESCO-Weltkulturerbe, als Teil der unter Schutz gestellten Berlin-Potsdamer Kulturlandschaft.

Nach dem Regierungsantritt von Friedrich Wilhelm IV. (1795–1861) im Jahr 1840 erhält der Landschaftsarchitekt Peter Joseph Lenné (1789–1866) den umfangreichen Auftrag, das Landschaftsbild von Potsdam zu veredeln.

In die Planung sind alle Gebäude einbezogen, die an den Havelufern oder an den Verbindungswegen zwischen den königlichen Gartenanlagen stehen.

Im Rahmen dieser Maßnahmen wird auch der Garten der Villa Schöningen von Peter-Joseph Lenné, zusammen mit seinem ehemaligen Schüler Gustav Meyer (1816–1877), geplant und angelegt.

Die Villa Schöningen zählt zur preußischen Kulturlandschaft, die von 1730 bis 1916 erbaut wurde und zu der insgesamt 500 Hektar Parkanlagen und 150 Bauwerke zählen.

Unter Friedrich II. (1712–1786) wurde vor allem mit dem Bau des Schlosses Sanssouci 1745 eines der ersten wichtigen Bauwerke der preußischen Kulturlandschaft erbaut.

Friedrich Wilhelm IV. (1795–1861), dessen Büste im Treppenhaus der Villa Schöningen zu sehen ist, hat die Potsdamer Kulturlandschaft maßgeblich erweitert.

Er beauftragte bedeutende Architekten seiner Zeit, wie Karl Friedrich Schinkel (1781–1841), Ludwig Persius (1803–1845), Christian Daniel Rauch (1777–1857), Friedrich August Stüler (1800–1865) und die Landschaftsarchitekten Peter Joseph Lenné (1789–1866) und Hermann von Pückler-Muskau (1785–1871), ein Gesamtensemble aus Architektur und Landschaft zu schaffen.

Dabei orientierte er sich in erster Linie an Vorbildern aus der Antike und der Renaissance. Er ließ beispielsweise die Heilandskirche in Sacrow nach dem Vorbild der Basilika San Clemente in Rom bauen und die Neue Orangerie im Park Sanssouci in Anlehnung an die Villa Medici in Rom sowie die Uffizien in Florenz.

Die Bauwerke sollten immer in Beziehung zueinander stehen und wurden mit sogenannten Sichtachsen verbunden.

Dabei handelt es sich um freiliegende Schneisen, die einen Blick auf eine angelegte Landschaft oder ein Bauwerk ermöglichen und dadurch einen Bezug und eine Zusammengehörigkeit der einzelnen Elemente in der großflächigen Ideallandschaft schaffen.

Die Villa Schlieffen ist eine Villa an der Ostseite des Pfingstbergs in Potsdam. Sie bildet mit der Villa Henckel, Villa Quandt und Villa Lepsius ein bauliches Ensemble und ist Teil des UNESCO-Weltkulturerbes. Errichtet wurde die Villa zwischen 1848 und 1869 in der Nachfolge älterer Weinmeisterhäuser. Bis 1869 entstand zu dem Gebäude zugehörig auch ein Tee- und Aussichtspavillon. Durch Besitzveränderungen ging dieser in den Folgejahren an das benachbarte Grundstück der Villa Henckel über.

1879 wurde die Villa Schlieffen den Hohenzollern zu Teil. Erst 1903 wurde die Villa unter ihrem heutigen Namen bekannt, da die Adelsfamilie Schlieffen ab diesem Zeitpunkt bis 1932 dort lebte.

Es ist nicht überliefert, was während des Nationalsozialismus mit der Villa Schlieffen passierte. Nach dem Zweiten Weltkrieg 1945 wurde das Gebäude durch die sowjetische Armee beschlagnahmt. Im Zuge der Beschlagnahmung wurde das Gebäude massiv verändert. Es wurden Doppeltüren eingebaut, sowie Sportgeräte, die noch heute erhalten sind. In der Folgezeit unterlag die Villa Schlieffen sowjetischer Militärnutzung, es erfolgte ebenfalls ein teilweiser Umbau zu einem Schießbunker. Die Soldaten der Roten Armee führten in den Kellerräumen des Gebäudes Schießübungen aus.

Seit 1994 stand die Villa Schlieffen komplett leer und war aufgrund ihres desolaten Zustands nicht für die Öffentlichkeit zugänglich. Im Jahr 1996 übernahm die Stiftung Preußische Schlösser und Gärten das Gebäude. Zum Schutz vor weiterem Verfall war die Villa seit den 2000er Jahren verschalt. Im Jahr 2014 erhielt Mathias Döpfner ein Nutznießrecht der Villa Henckel, Villa Schlieffen und von Teilen des Pfingstbergs. Auflage dieser Nutzung ist die teilweise Öffnung des Parks und der Villa Schlieffen für die Öffentlichkeit und eigenständige Instandhaltung und Sanierung ebendieser Orte.

Die Villa Schlieffen wurde daher unter denkmalhistorischen Auflagen saniert. Durch das einzigartige In-situ-Verfahren wurde das gesamte Gebäude konserviert. Einige Deckenteile wurden entfernt, da diese von einem Pilz befallen wurden. Im Zuge dessen  wurde auch der historische Weg zur Villa freigelegt.
Während der umfangreichen Sanierungsmaßnahmen wurden Patronenhülsen, Gasmasken oder auch Schnapsflaschen russischer Herstellung gefunden. Ebenfalls wurde ein Eisensteg nachträglich verbaut, da durch Statiker keine neuen Decken zwischen Keller und Erdgeschoss freigegeben wurden.

Seit 2023 ist die Villa Schlieffen wieder für Besuchende zugänglich und in dem Zustand zu besichtigen, in dem sie das sowjetische Militär hinterlassen hat. Die oberen Räumlichkeiten sind nicht begehbar, da diese Kleinsträume sind und auch das Treppenhaus keine Genehmigung erhalten hat, von Besuchenden besichtigt zu werden, da keine Fluchtwege vorhanden sind.
Ebenfalls ist ein Teil der Döpfner Collection in der Villa Schlieffen zu besichtigen und der Öffentlichkeit zugänglich. Es werden in Zukunft immer wieder wechselnde Installationen der Döpfner Collection in der Villa Schlieffen zu sehen sein.

Führungen finden monatlich am Wochenende statt und nach Terminabsprache unter info@villa-schoeningen.de.